1987-88 balkan kupası ilk kez 3 grup halinde yapıldı. a grubu 4 ve b ile c grubu 3er takımlı olarak hazırlandı. gruptaki her takım gruptaki diğer takımlarla 2 maç yaptı ve maçların ardından grup birincileri ile 3 grubun en iyi puan ve averaja sahip takımı yarı finale yükseldi.
bu sezon türkiye'yi samsunspor ve eskişehirspor temsil ettiler.
samsunpor b grubunda yer aldı ve oynadığı 4 maçın 2 sini kazanıp 2sini kaybetti ve grup 2si olarak kupaya veda etti.
samsunspor'un oynadığı maçlar şöyle;
iraklis 4-3 samsunspor fk sliven 7-0 samsunspor samsunspor 3-2 fk sliven samsunspor 6-1 iraklis
) 
