1987-88 balkan kupası ilk kez 3 grup halinde yapıldı. a grubu 4 ve b ile c grubu 3er takımlı olarak hazırlandı. gruptaki her takım gruptaki diğer takımlarla 2 maç yaptı ve maçların ardından grup birincileri ile 3 grubun en iyi puan ve averaja sahip takımı yarı finale yükseldi.
bu sezon türkiye'yi samsunspor ve eskişehirspor temsil ettiler.
eskişehirspor c grubunda yer aldı ve oynadığı 4 maçta bir galibiyet, 1 beraberlik ve 2 mağlubiyet alıp ikincisi olup kupaya veda etti.
