2. tur maçları, 1978-79 türkiye amatör futbol şampiyonası'nda final grubuna kalan 4 takım, türkiye 3. ligi'nde oynayan 18 takım ve 1. turdan yükselen 27 takımla birlikte toplam 48 takımla oynanmıştır. (burdur yse yurtspor kura sonucu üst tura yükseldi.)
türkiye kupası ikinci basamağında beykoz, kütahya linyitspor'u 2-0, alibeyköyspor, sakarya donatımspor'u 2-0, karagümrük de karagümrük amatör takımını 1-0 yenerek üçüncü kademe maçlarına katılma hakkını elde etmiştir.
